آون‌های خلأ کاربردهای ویژه‌ای دارن، از جمله:

• خشک کردن مواد حساس به حرارت: مثل داروها، مواد غذایی، مواد شیمیایی و پودرهای بیولوژیکی.

• حذف حباب‌های هوا: از رزین‌ها و مواد چسبنده.

• استریل کردن: ابزار و تجهیزاتی که به گرما حساسن.

• آزمایشگاه‌های دارویی و بیولوژیکی: برای فرآیندهای پیچیده که نیاز به کنترل دقیق دما و فشار دارن.